Home Brewから「R」をMac OSX LION にインストール

Home Brew OSX

MarkdownをPandocを使ってHTML化する内に、
TeXShopに「Pandoc.engine」が搭載されている事に気付き、
TeXShop > pandocと変換出来るか調べたが、解答が見付からない。

更に調べを進めていくと、
rmarkdownを使用して実行可能な様子。

小生には全く不如意な世界なので、「R」と言う世界を検索していると、
どうも「RStudio」と言うアプリを導入すれば同様の事が出来るらしい？

早速、導入などが書かれたサイトを検索。
◎Mac用のdmgが存在するらしい。でもhomebrewからでもインストール可能と有る！
現在OSX10.7は「HomeBrew」を使用して色々なアプリを入れていたので、次のサイト
「Mac OSXでR言語(+RStudio)をhomebrewでインストール」から
「RStudio」をインストールしようと試みた。が
最初の「brew tap homebrew/science」で弾かれた。
brew実行の前に「brew update」「brew upgrade」を
済ませているにもかかわず、次に進めなかった。

●次の手！
dmgファイルをDL.。（＞は選択しクリック、次へ進む。の意）

（http://www.rstudio.com/products/rstudio/）＞DeskTop ＞RStudio DeskTop ＞OpenSourceEdition ：Price : Free ＞ DOWNLOAD RSTUDIO DESKTOP ＞Installers for ALL Platforms（http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/） ＞ RStudio 0.98.1091 - Mac OS X 10.6+ (64-bit) を選択。ダウンロード。

●dmgからMacOSXへインストールしたが、アプリのアイコンをダブルクリックしても、
「正しい位置付けが成されていません。」と言った風のコメントが表れる。

■「R」初心者の初歩的ミス。
サイトに書かれている「事柄」を良く理解していない為、
導入すべき「アプリ？」の手順を間違えた様だ！

1. gfortran
2. XQuartz
3. R
4. RStudio
と言う手順で実行すれば、動くはず。

参考ページは「http://learningr.hatenablog.com/entry/2011/12/26/185627」
しかし「brew install gfortran」(上記サイトの文章の「gfortlan」の「lan」の「l」は→「r」が正しい)
（上記サイトが参考にしたページのスペルの方が正解！ーーコピペの際は要注意！）だが、
小生のHomebrewから「gfortran」を導入出来なかったので、
「https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries」から
急遽Mac用「gfortran-4.8.2-Lion.dmg」をDLしインストール。

その後RStudioへのリンクをターミナルから入力
$ sudo ln -s "/usr/local/opt/r/R.framework" /Library/Frameworks
（場合によっては % ln -s /usr/local/Cellar/r/2.13.1/R.framework /Library/Frameworks）
（サイトの注意書きにも有るように、Frameworksの後ろには「/」は記入しない事）

■（http://otukutun.hatenablog.com/entry/2013/03/01/175345）に有るような
エラーが表示されない為にも、予め「XQuartz」が導入されているか確認。
（小生の環境では、Applications > Utilities > に移動して、XQuartz2.77を確認）

◎再度「$ brew install R」実行
（ダウンロードとコンパイルに時間を要する。→ → 待ち時間が案外と長かった）
漸くの完了後に、ターミナルから「r」をタイプすると

「R version3.1.2(2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"」と表示される。

一応「q()」でターミナルから「R」を終了。

以上で、ようやくRStudioをスタンドアロンで使用の準備が出きた。

◎次はmarkdown → html用の「knitr」の導入！

RStudioを立ち上げて「install.packages("knitr")」を実行しようとしたら、

「此のknitrバージョンは有りません。」と言うようなコメントが出た。

とにかく「markdown」を試したかったので「新規>markdown」を指定したら
「RStudio」の更新を促されたので実行。更新の画面を見ていると、
何やら「knitr」らしきファイルも含まれていそうだが、
念の為「install.packages("knitr")」をRStudioのコンソール画面に打ち込み、
しばし待つ。
ダウンロード終了の表示が出たら、メニューで
「File　＝＞ New ＝＞ R Markdown」を選択し
新規のファイルが表示された所で、画面上部（中央？）に有る
「knit HTML」をクリックすると、HTML化してくれる。
RStudioのPreferenceには、特に手を加えていないが、
コンソールのコメントやmarkdownでのauthorやdate等
「日本語」で表示されている。

今回の「R」「RStudio」の導入に関して、学んだ事は、
◎markdown記法は、案外「奥が深い」
◎Home Brewが便利な事を、改めて、認識。

http://rpubs.com は
「RStudio用のプラグイン R Markdown形式で書かれた情報をシェアできるサイト」らしいので
冒頭に書いた「rmarkdown」の勉強の為に、今後アクセスしたいと思っている。